Après le génome, le microbiome et beaucoup d’autres « ome », en voici un nouveau: le résistome. Comme dans résistance aux antibiotiques. Sauf que celui-ci risque de ne pas avoir de fin.
Pour l’instant, la communauté médicale ne peut faire mieux que d’énumérer les lieux dans le monde où sont observées de nouvelles bactéries résistantes à un antibiotique. En croisant chaque fois les doigts pour que cette nouvelle souche bactérienne ne se répande pas trop vite à travers le monde.
Mais si on pouvait recenser les gènes qui provoquent cette résistance, ne pourrait-on pas ralentir la progression de ces souches résistantes? Et peut-être même s’attaquer aux gènes eux-mêmes, avant que les antibiotiques ne nous laissent complètement tomber?
C’est ce que défend le microbiologiste Barry Kreiswirth, de l’Université Rutgers, qui a publié cette année le premier séquençage des gènes d’une bactérie E. coli résistante à l’antibiotique « de dernier recours », recueillie deux ans plus tôt dans l’urine d’un patient. Le patient avait pourtant bien répondu à l’antibiotique — seuls deux gènes de ces bactéries représentaient un signal d’alarme. C’est donc ce genre de signal d’alarme qu’une carte du « résistome » permettrait de faire sonner plus tôt.
Il faut rappeler qu’aucun nouvel antibiotique n’a été mis en marché depuis près de 30 ans: le jour — apparemment inévitable — où ils nous laisseront tous tomber, des maladies infectieuses que l’on croyait reléguées au passé se mettront à se répandre à grande échelle.
Les efforts pour cartographier ce résistome impliquent de plus en plus d’équipes de recherche, aux quatre coins du monde. Deux bases de données accessibles aux chercheurs sont en pleine expansion, l’une créée au Danemark en 2012 (ResFinder) l’autre en Ontario à l’Université McMaster en 2013 (Comprehensive Antibiotic Resistance Database). Elles visent à rassembler l’information sur les gènes de résistance à mesure qu’ils sont observés, sur les protéines associées et sur la façon dont ces éléments contribuent aux mécanismes de résistance d’une cellule.
Au contraire toutefois de la carte du génome humain qui a un début et une fin, il est douteux que la carte du résistome puisse avoir une fin, puisque c’est d’évolution biologique dont on parle ici : au fur et à mesure que les bactéries sont « attaquées » par les antibiotiques, certaines développent inévitablement une résistance, donc de nouvelles combinaisons de gènes et de protéines qui viendront grossir la base de données. Les chercheurs espèrent plutôt une percée sur les mécanismes de résistance, pour en arriver à utiliser les antibiotiques de manière plus ciblée. Soit à des années-lumière de l’usage démesuré qui en a été fait depuis leur émergence dans les années 1930, et qui a accéléré le développement de ces souches résistantes.
